１．物流成本相對較高
在我國跨境電商物流的發展過程中，基礎設施的不完善及體系不完整等，物流的成本較高，根據相關資料得出結論，從成本來看，我國跨境電商物流的成本遠遠高于其他國家甚至是國際標準。跨境電商物流需要考慮的問題多而復雜，涉及國內物流、國內海關、國際運輸、國外海關、國外物流眾多環節，在實際操作中風險很大，因此，在一定程度上大大增加了我國跨境電商的物流成本。
２．退貨和換貨物流實現困難
在中國跨境電商的發展過程中，由于其涉及的環節較多，在每個環節都會產生相對應的退換貨情況，而跨境物流周期長，在其中隱藏存在多種風險，貨品的丟失、海關和商檢的風險、錯誤的配送地址等問題，大大制約了退貨和換貨。再者，在中國跨境物流中缺乏完善的退貨通道，難以實現退換貨。
３．物流信息難以實現全程追蹤
在我國國內物品物流的運輸中，從下單到收貨，這對包裹的全程追蹤已常態化，是對商家最基本的要求，由于跨境電商物流地區廣，不能做到每個跨境物品的全程追蹤，在國內，信息追蹤可以實現，而當包裹出境后，由于信息水平的限制，很難對其再進行繼續追蹤。雖然目前在一些發達國家可以實現全程追蹤，但在信息化不高的國家難以實現，大大制約了跨境交易及跨境物流的發展。這是由于電商物流企業無法與其他國家物流企業構建起物流信息共享網絡，所以對出境的貨物進行全程追蹤服務很難實現。

http://www.jintingqj.cn/baike/2600.html 我國跨境電商物流面臨的困境